东京理科大学共设有8个学部本科和11个大学院研究科。本科中的理学部第二部和工学部第二部主要面向社会人士，理学部第二部是唯一开放的夜间学部。此外，还设有供大学毕业者夜间学习的理学专攻科，提供理学研究方面的指导。

东京理科大学设立本科课程，如材料工程、电子电气信息工程、电气工程、电子应用工程、工程学、工业化学、化学、基础工程、机械工程、建筑学、经营工程、商业管理、理工学、理学、信息科学、制药学、生物工程、数理情报学、数学、土木工程、物理学、药剂学、应用化学、应用生物科学、应用物理学等。硕士开设如材料工程、电气工程、电子应用工程、工业化学、火灾科学、机械工程、建筑学、经营工程、商业管理、科学教育、信息科学、生命科学、生物工程、数理情报学、数学、土木工程、物理学、医药科学、应用生物科学、应用物理学、综合化学等专业方向。博士包括如材料工程、电气工程、电子应用工程、工业化学、火灾科学、机械工程、建筑学、经营工程、商业管理、科学教育、信息科学、生命科学、生物工程、数理情报学、数学、土木工程、物理学、药剂学、应用生物科学、应用物理学、综合化学等专业方向。 

东京理科大学有四个校区，分别是神乐坂校区、葛饰校区、野田校区和长万部校区。神乐坂校区和葛饰校区位于东京都，是理学部第一部、理学部第二部、工学部第一部、工学部第一部和理学专攻科所在地；

野田校区位于千叶县，那里有药学部、理工学部和基础工学部二年级以上的学生；2016年4月，经营学部全面转移至神乐坂校区，久喜校区废弃；长万部校区位于北海道，基础工业学部一年级的学生在这里学习。